Agnese Kanniņa mācījusies Emīla Dārziņa mūzikas vidusskolā pie Romana Šnē, 2001. gadā ieguvusi bakalaura grādu Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmijā Jāņa Bulava klasē, savukārt 2007. gadā JVLMA ieguvusi maģistra grādu senās mūzikas, baroka vijoļspēles un baroka orķestra spēles specialitātē. Agnese šobrīd ir JVLMA Senās mūzikas katedras docente.

Piedalījusies Fransuā Malguāras, Erika Van Nevela, Lusijas van Dēlas, Kristofa Huntgeburta, Kjāras Bankīni un Elizabetes Vilstremas baroka mūzikas atskaņošanas meistarklasēs. No 1995. līdz 1996. gadam strādājusi Orquesta sinfonica de Castilla y Leon Spānijā, bijusi Latvijas Nacionālās operas orķestra vijolniece. 

Bijusi divreiz nominēta Lielajai Mūzikas balvai: 2007. gadā kategorijā „Gada debija” Sinfonietta Rīga stīgu kvarteta sastāvā un 2008. gadā „Par izcilu darbu ansamblī”.

Kopš 2006. gada Agnese ir Sinfonietta Rīga II vijoļu grupas koncertmeistare un paralēli darbam orķestrī spēlē Sinfonietta Rīga stīgu kvartetā, kā arī darbojas kā baroka orķestra Collegium musicum Rīga koncertmeistare. 

Agnese ikdienā pilda arī „Sinfonietta Rīga” inspektores pienākumus, rūpējoties par mūziķu sastāvu koncertprogrammās un orķestra mēģinājumu norisi.